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荧光素酶互补实验（LCI）
荧光素酶互补实验(Luciferase Complementation Assay, LCA)具有高灵敏度、可定量化、操作简单的优势，被广泛应用于植物学和动物学中验证蛋白质的相互作用研究。在实验中，荧光素酶蛋白被切成N端和C端两个功能片段，即NLuc和CLuc,再将待检测的两个目标蛋白A、B分别与NLuc和CLuc融合，如果两个目标蛋白有相互作用，则荧光素酶的NLuc和CLuc在空间上会足够靠近并正确组装，从而发挥荧光素酶活性，即分解底物产生荧光。
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双分子荧光互补技术（BiFC）
双分子荧光互补(Bimo-lecular fluorescence complementation,简称BiFC)技术,可以直观、快速地判断目标蛋白在活细胞中的定位和相互作用。该技术巧妙地将荧光蛋白分割成两个不具有荧光活性的分子片段(N-fragment、C-fragment)，再将这两个荧光蛋白的片段分别融合两个目标蛋白A、B,如果A蛋白与B蛋白发生了相互作用，在空间上互相靠近，则两个荧光蛋白的片段就会重新构建成完整的具有活性的荧光蛋白，在激发光的激发下，荧光蛋白发出荧光。反之，若A蛋白与B蛋白之间没有发生相互作用，则不能被激发出荧光。常用的荧光蛋白是绿色荧光蛋白GFP。
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酵母双杂交系统（Y2H）
酵母双杂交技术是蛋白互作研究的经典方法，起源于20世纪80年代末。它利用酵母转录因子(如GAL4)的结构特征检测蛋白互作--这类转录因子通常由DNA结合结构域(BD)和转录激活结构域(AD)组成，仅当二者空间靠近时才能激活报告基因转录。 在该系统中，将待检测的两种蛋白分别与BD、AD融合，构建成诱饵蛋白(BD-靶蛋白)和猎物蛋白(AD-待测蛋白)并导入酵母细胞表达。若两种蛋白发生互作，BD与AD将在空间上靠近，使BD结合到报告基因上游的激活序列(UAS)，同时AD激活下游报告基因(如HIS3、LEU2等营养缺陷型基因或B-半乳糖苷酶基因)的转录。通过观察酵母在营养缺陷培养基上的生长情况，或检测β-半乳糖苷酶的显色活性(如X-Gal染色)，即可判断蛋白间是否存在互作。
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蛋白Pull down
蛋PullDown技术是体外研究蛋白质相互作用的经典方法。基于亲和层析原理，将诱饵蛋白与特定标签(如Halo、GST、His、FLAG等)形成融合蛋白进行表达纯化，进而捕获并鉴定与之相互作用的蛋白。该技术主要应用于两大方向:一是鉴定与已知“诱饵蛋白”结合的未知互作蛋白，二是验证两个已知蛋白间的直接相互作用，为解析蛋白质功能及细胞信号转导调控机制等研究提供关键实验支撑。 本公司主要提供Halo/GST-tag pulldown:Halo-tag pulldown是使用体外真核表达系统来表达目的蛋白，表达的目的蛋白携带Halo标签;GST-tagpull down是使用大肠杆菌诱导表达目的蛋白，表达的目的蛋白携带GST标签，也可以利用其它标签蛋白进行pulldown实验。
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Co-IP/Co-IP-MS
免疫共沉淀(Co-IP)以抗体与抗原的特异性结合为基础，研究蛋白质与蛋白质相互作用的经典方法。利用免疫共沉淀可以检测两个已知蛋白之间的相互作用，或者寻找与已知蛋白相互作用的未知蛋白。免疫共沉淀的优势在于蛋白的结合是在细胞内完成，能够反应天然状态下的蛋白质相互作用，结果更加真实可靠。 当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质-蛋白质相互作用被保留了下来，使用结合抗体的磁珠与细胞裂解液共同孵育，抗体会和诱饵蛋白特异性结合，同时与诱饵蛋白结合的蛋白也会固定在磁珠上，洗去上清，再将磁珠上的蛋白洗脱下来进行免疫印迹检测或者质谱检测，将鉴定到与诱饵蛋白相互作用的蛋白质。
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