微生物多样性测序（又称扩增子测序），是指是利用二代/三代测序平台对16S rRNA/18S rRNA/ITS/功能基因等特定区段的PCR产物进行高通量测序，获得环境、人体等样本中的微生物群落结构、进化关系以及微生物与环境、宿主的相关性等信息。