宏基因组测序主要是基于Illumina/Nanopore等二代测序平台，对人体、动物、环境等样品中全部微小生物的基因组DNA进行Shotgun测序，可以分析临床样本中健康组和疾病组微生物群体和功能通路的差异，挖掘与疾病相关的关键微生物与功能信息；还可探索临床治疗中微生物的耐药机制与传播机制；也可用于研究模型动物的口腔、肠道等菌群功能特征、助力科学基础研究；也可用以解析微生物群体的物种和功能多样性及群落结构的变异，探索微生物与环境及宿主之间的关系，发掘和研究新的具有特定功能的基因或物种等信息。