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RNA凝胶迁移或电泳迁移率实验（RNA-EMSA）
RNA-EMSA（RNA-Electrophoretic Mobility Shift Assay）是一种快速灵敏的检测蛋白-RNA互作的技术方法，RNA-EMSA是将标记的RNA与蛋白质共同孵育，当形成复合物后，通过非变性聚丙烯酰胺凝胶对RNA-蛋白质复合体进行电泳。 与游离的RNA探针相比，RNA-蛋白质复合体的迁移速度较慢，可以在凝胶上观察到阻滞条带。通过RNA-EMSA实验可以检测或验证RNA与蛋白质的相互作用、蛋白质在RNA上的结合序列等。
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RNA Pull Down
RNA Pull Down是根据已知的RNA序列，设计DNA模板，然后使用体外转录技术合成生物素标记的RNA探针，并与蛋白提取液进行孵育，形成RNA-蛋白质复合体。
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体内RNA亲和纯化（RAP）
体内RNA亲和纯化（RNA Affinity Purification，RAP）是根据感兴趣的已知RNA序列，设计与RNA序列互补的生物素标记的DNA捕获探针，同时将RNA与蛋白质在体内进行交联，然后使用DNA捕获探针，将与目的RNA结合的复合物沉淀下来，进行LC-MS/MS检测，鉴定出目的RNA的结合蛋白。
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RNA免疫共沉淀测序（RIP-seq）
RNA免疫共沉淀测序（RNA Immunoprecipitation Sequencing，RIP-seq）是利用目标蛋白的特异性抗体，将对应的蛋白-RNA复合体进行免疫沉淀，对分离纯化的RNA进行建库与高通量测序。RIP-seq能够鉴定体内目的蛋白结合的RNA，RIP-seq分为天然和交联鉴定两种方式。天然RIP-seq能够直接鉴定与目标蛋白质结合的RNA，以及RNA在样本中的水平（丰度）；交联RIP-seq能够鉴定蛋白质和RNA的结合位点。
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体外RNA亲和纯化测序
体外RNA亲和纯化测序，是通过体外蛋白表达技术，表达纯化出带有标签的RNA结合蛋白（RNA Binding Protein，RBP），然后与富集的mRNA在体外进行孵育结合，分离出所有和RBP结合的mRNA，进行建库与高通量测序，通过生物信息学分析，筛选出与目的RBP结合的mRNA。 体外RNA亲和纯化测序，无需使用特异性抗体，就能够高通量检测与蛋白相互作用的mRNA。
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