CN EN
T
技术服务
Technical service

Ribo-seq

丰富的物种经验。

实验周期快、质量高、结果稳定可靠。

联系我们
  • 技术简介
  • 服务流程
  • 分析内容
  • 实验案例

技术原理

蛋白质是生命活动的主要承担者,翻译调控又是细胞内最重要的调控方式。翻译是核糖体读取mRNA模板来指导蛋白质合成的过程,是基因表达的关键步骤。翻译的过程受到严格的调控,很多疾病与翻译异常相关,比如神经退行性疾病、贫血症和发育障碍等。虽然核糖体的结构与功能研究的比较透彻,但是对于翻译过程的调控机理还需要深入研究。

核糖体印迹测序(Ribosome profiling, Ribo-seq),能够详细检测体内的翻译状态。Ribo-seq的技术核心是识别与核糖体结合的mRNA以及正在被翻译的约30个核苷酸。对核糖体结合的mRNA片段进行测序,能够精确记录核糖体在翻译过程中的位置。将转录组与Ribo-seq数据联合分析,可以计算出蛋白质的合成速率。


技术特点

Ribo-seq能够揭示蛋白合成的时间、地点、位置、哪些蛋白质正在被合成以及蛋白质合成的调控机制。Ribo-seq搭建了从转录组学到蛋白质组学之间的桥梁,已经广泛应用在动物、植物和微生物的研究中,用于揭示生长发育、形态建成、疾病发生、逆境胁迫响应的调控机制。


应用方向

Ribo-seq应用于研究转录本的翻译活性、鉴定翻译起始位点、ORF位置和蛋白质的翻译调控机制。

Ribo-seq技术已经广泛应用在动物、植物和微生物的研究中,用于揭示生长发育、形态建成、疾病发生、逆境胁迫响应的调控机制。总之,Ribo-seq能从基因组水平检测蛋白质的翻译状况,获得正在翻译的mRNA序列信息并解析翻译调控机制。


蓝景科信优势

实验周期快、质量高、结果稳定可靠。

丰富的物种经验


送样要求

1)细胞样本:建议送样量5×106-1×107个;

2)动物组织样本:建议送样量300 mg

3)植物组织样本:建议送样量500 mg


样本分组

至少2组样品,包括对照组和实验组,样本数建议:3 VS 3。


参考文献

Brar GA, Weissman JS. Ribosome profiling reveals the what, when, where and how of protein synthesis. Nat Rev Mol Cell Biol. 2015. 16(11):651-664.

Chong C, Coukos G, Bassani-Sternberg M. Identification of tumor antigens with immunopeptidomics. Nat Biotechnol. 2022. 40(2):175-188.

Fremin BJ, Nicolaou C, Bhatt AS. Simultaneous ribosome profiling of hundreds of microbes from the human microbiome. Nat Protoc. 2021. 16(10):4676-4691.

Ingolia NT, Brar GA, Rouskin S, McGeachy AM, Weissman JS. The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments. Nat Protoc. 2012. 7(8):1534-1550.

Ingolia NT, Ghaemmaghami S, Newman JR, Weissman JS. Genome-wide analysis in vivo of translation with nucleotide resolution using ribosome profiling. Science. 2009. 324(5924):218-223.

Juntawong P, Girke T, Bazin J, Bailey-Serres J. Translational dynamics revealed by genome-wide profiling of ribosome footprints in Arabidopsis. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014. 111(1):E203-212.

Sawyer EB, Cortes T. Ribosome profiling enhances understanding of mycobacterial translation. Front Microbiol. 2022. 13:976550.

Xiang Y, Huang W, Tan L, Chen T, He Y, Irving PS, Weeks KM, Zhang QC, Dong X. Pervasive downstream RNA hairpins dynamically dictate start-codon selection. Nature. 2023. 621(7978):423-430.

Xu G, Greene GH, Yoo H, Liu L, Marqués J, Motley J, Dong X. Global translational reprogramming is a fundamental layer of immune regulation in plants. Nature. 2017. 545(7655):487-490.



1.jpg

生信分析.png

分析流程.png

肿瘤细胞.png

肿瘤组织.png

杨树.png


TOP