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技术服务
Technical service

DAP-seq(DNA亲和纯化测序)

100+物种,2000+转录因子实战经验,无需抗体

高通量检测转录因子或DNA结合蛋白在基因组上的结合位点

已助力客户在许多期刊发表文章:Molecular Plant,The Plant Cell,Plant Physiology,Plant Biotechnology Journal,New Phytologist等

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在功能基因组学和表观遗传学研究中,转录因子结合位点(TFBS)的发掘一直是研究热点。传统的ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)方法,在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS。然而,好的抗体可遇不可求,这限制了ChIP-seq更广泛的应用。


DAP-seq技术的出现,使TFBS 的研究不再局限于物种,不再受抗体质量的限制,为生命科学领域转录因子的研究提供了新的有效工具。

DAP-seq与ChIP-seq技术对比

技术名称DAP-seqChIP-seq
实验模式体外体内
是否需要特异性抗体
是否适用于非模式物种
时间成本
是否高通量


蓝景科信为您提供DAP-seq全流程技术服务和个性化数据分析,具有100多个物种,2000多个转录因子的实战经验,已助力客户在许多期刊发表文章,例如:Molecular Plant,The Plant Cell,Plant Physiology,Plant Biotechnology Journal,New PhytologistJournal of Integrative Plant Biology等,欢迎咨询。


参考文献:

O'Malley RC, Huang SC, Song L, Lewsey MG, Bartlett A, Nery JR, Galli M, Gallavotti A, Ecker JR. Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape. Cell. 2016. 165(5):1280-1292. doi: 10.1016/j.cell.2016.04.038.

2016-Cell-DAP Seq-Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape.pdf


Bartlett A, O'Malley RC, Huang SC, Galli M, Nery JR, Gallavotti A, Ecker JR. Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq. Nat Protoc. 2017. (8):1659-1672. doi: 10.1038/nprot.2017.055.

2017-Nature Protocols-Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq.pdf


服务项目周期交付结果报价
蛋白表达载体构建1-2周

构建载体的测序结果

实验过程图

原始测序数据

分析结果

详细报价请电询400-6187099

或15632249798

蛋白无细胞表达1-2周
DAP-seq文库构建1周
DNA亲和纯化1-2周
上机测序2周
标准数据分析2周

1647486998(1).png

实验流程

1647487267(1).png


生信分析
  • 对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理 

  • 数据产出统计

  • 参考序列比对分析  

  • 测序reads富集区域扫描(peak calling)

  • Peak在基因功能元件上的分布统计 

  • Peak序列模式发掘(motif search) 

  • 已知motif注释 

  • Peak相关基因鉴定

  • Peak相关基因的GO和KEGG富集分析 

  • 测序数据的可视化分析




项目可行性分析

开展项目之前,我们会根据您具体的转录因子做可行性分析报告,供您参考,从多个方面进行可行性分析,包括转录因子分子量,亚细胞定位预测,跨膜区预测,蛋白质结构域预测、翻译后修饰预测,并且根据文献报道和我们的经验来进行可行性分析。


1647487740(1).png



已做物种
植物
拟南芥茎瘤芥甘蓝型油菜白菜型油菜不结球白菜菜心小麦大麦花生
辣椒 番茄草莓黄花棘豆苦荞红薯木薯马铃薯普通烟草
人参鸭茅罂粟甘蔗短芒大麦草二色补血草烟草百脉根芍药
丹参狗尾草菠菜玉米大豆高粱藜麦 陆地棉甜瓜
黄瓜葡萄灰毡毛忍冬粉葛三叶青猕猴桃香蕉蒺藜苜蓿紫花苜蓿
伴矿景天苔藓地钱毛果杨717杨84K杨小黑杨胡杨山新杨
小叶杨 欧美杨大青杨毛白杨刚毛柽柳白桦光皮桦油松毛竹
麻竹银杏油桐荔枝柑橘甜橙欧洲云杉核桃柿子
闽楠木荷脐橙板栗杜梨苹果
樱桃麻疯树茶树月季海岛棉白木香橡胶树三角褐指藻
芥蓝
蓝花耧斗菜盐芥无花果菠萝西瓜甘薯竹叶花椒玫瑰
动物
飞蝗新孢子虫烟粉虱草地贪夜蛾



真菌
拟轮枝镰孢菌猪苓真菌意大利青霉草酸青霉腐霉金黄壳囊孢 灵芝糙皮侧耳草菇
灰盖鬼伞虫草亚洲镰刀菌蝗绿僵菌




细菌
路德维希肠杆菌嗜热厌氧杆菌生氮假单胞菌伯克赫尔德氏菌布鲁氏菌肺炎克雷伯菌




1.DAP-seq原理是什么,技术流程是什么,能帮我解决什么样的问题?


原理:体外表达的蛋白和DNA进行亲和纯化,将与蛋白结合的DNA洗脱后进行高通量测序。


技术流程:将编码转录因子的CDS序列构建到含有亲和标签的载体中,构建蛋白表达载体,进行体外蛋白表达,形成转录因子和亲和标签的融合蛋白;提取样品的基因组DNA,构建DNA文库,然后将体外表达的带有亲和标签的转录因子和DNA文库进行结合,随后把结合的DNA洗脱后上机测序。


能帮助您快速找到转录因子的结合位点,寻找转录因子调控的靶基因。


技术服务流程:

DAP-seq实验流程.png



2.需要提供什么材料?


需要您提供

(1)组织材料或者是提取好的基因组DNA;

(2)含有转录因子CDS序列的质粒。


3.分析结果包括哪些内容?


蓝景科信DAP-seq的生信分析包括以下内容: 

1. 对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理 

2. 数据产出统计

3. 参考序列比对分析  

4. 测序reads富集区域扫描(peak calling)

5. Peak在基因功能元件上的分布统计 

6. Peak序列模式发掘(motif search) 

7. 已知motif注释 

8. Peak相关基因鉴定

9. Peak相关基因的GO和KEGG富集分析 

10. 测序数据的可视化分析


4.实验的成功率怎么样?


不同转录因子家族的成功率不同,请参考不同转录因子家族的DAP-seq成功率: 

不同转录因子家族成功率

转录因子

家族类型

该家族已做

转录因子的数量

成功鉴定到Motif的

转录因子数量

该家族转录因子的

成功率

C2H2

151

27

18%

bHLH

137

18

13%

AP2-EREBP

133

74

56%

C3H

129

9

7%

MYB

116

55

47%

MADS

86

10

12%

NAC

76

51

67%

MYB-related

71

26

37%

WRKY

65

34

52%

ND

60

5

8%

Homeobox

43

13

30%

ABI3-VP1

40

7

18%

bZIP

38

29

76%

G2-like

37

17

46%

LOB-AS2

35

8

23%

Orphan

35

3

9%

C2C2-CO-like

34

2

6%

C2C2-DOF

32

21

66%

C2C2-GATA

28

13

46%

HB

27

10

37%

Trihelix

27

13

48%

TCP

26

13

50%

mTERF

23

1

4%

GeBP

19

2

11%

HSF

17

10

59%

SBP

16

8

50%

ZF-HD

14

6

43%

ARF

12

3

25%

CCAAT-HAP5

12

2

17%

FAR1

12

1

8%

FHA

12

1

8%

HMG

12

1

8%

CCAAT-HAP3

11

2

18%

PLATZ

11

1

9%

ARID

10

5

50%

LIM

10

1

10%

BSD

9

1

11%

CPP

8

4

50%

GRF

8

2

25%

REM(B3)

8

1

13%

SRS

8

1

13%

BBR/BPC

7

3

43%

E2F-DP

7

4

57%

BZR

6

4

67%

C2C2-YABBY

6

1

17%

CAMTA

5

2

40%

EIL

5

2

40%

REM

5

1

20%

DBP

4

1

25%

NLP

4

1

25%

RAV

4

1

25%

RWP-RK

4

2

50%

S1Fa-like

3

1

33%

BES1

2

1

50%

zf-GRF

1

1

100%

此表数据来源文献,doi: 10.1016/j.cell.2016.04.038


5.为什么有些基因家族的成功率很低?


有些转录因子需要和其他蛋白形成复合体才能与DNA结合,这些蛋白的风险比较高。 


6.一些特殊的样品能不能做,有没有风险?


有两种情况的样品是不能做DAP-seq 实验的,一种情况是没有参考基因组,另一种情况是转录因子不能在体外表达出来,除此之外,我们会做可行性分析报告供您参考。


7.包含重复吗?


包含两个技术重复。


8.做这个蛋白表达的时候,使用的什么表达系统?


优先使用真核表达系统进行蛋白表达,如果真核表达系统不能表达成功的话可以沟通换用原核表达系统。


9.植物组织样本取样的时期部位有什么要求?


植物组织样本取样的时期和部位是您根据自己的研究需求确定,不同组织和时期DNA的修饰不同,可能会影响蛋白和DNA的结合。


10.DAP-seq试验结果的可靠性如何,是否能通过验证试验做出来? 


可以参考2019-JXB-Populus euphratica PeWRKY1 binds the promoter of H+-ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance这篇文献,文献中是使用DAP-seq技术,在基因组水平上,鉴定了PeWRKY1转录因子与胡杨基因组DNA的结合位点信息,并通过酵母单杂交、EMSA、荧光素酶检测系统验证了这一结果。


11.DAP-seq跟ChIP-seq有何区别,DAP-seq的优势表现在哪里?


DAP-seq和ChIP-seq的区别:

DAP-seq和ChIP-seq比较.png

DAP-seq的优势:不需要针对每个转录因子制备特异性抗体,快速、高通量、节约时间成本。


12、DAP-seq用的input是什么,为什么选这个作为对照呢?


Input对照是用的亲和纯化前的文库,目的是降低背景噪音,我们用的Input和2016年发表在Cell(DAP Seq-Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape)上的论文是一致的。


13、为什么实验中表达的有些蛋白比理论值偏大?


很多蛋白表达出来比理论值大一些,因为有一些翻译后修饰,很多情况都是这样的,原核表达也有这类情况,比如拟南芥SnRK蛋白激酶,预测40 kd,通过原核表达,实际分子量是60 kd。

2024年1月25日,南京农业大学白菜系统生物学实验室在Plant Physiology IF=7.4)期刊发表了题为“ETHYLENE RESPONSE FACTOR 070 inhibits flowering in Pak-choi by indirectly impairing BcLEAFY expression”的研究成果。该文借助DAP-seq技术解析了乙烯响应因子BcERF070抑制不结球白菜开花的分子机制。


2023年11月29日,西北农林科技大学苹果抗逆与品质改良创新团队李明军课题组在The Plant Cell在线发表了题为“The transcription factor MdBPC2 alters apple growth and promotes dwarfing by regulating auxin biosynthesis”的研究论文。该研究使用了DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了BBR/BPC家族的MdBPC2转录因子的结合基序和靶基因,揭示了该转录因子,通过H3K27me3修饰调控苹果生长素生物合成,从而协调苹果的生长和植株结构的新机制。


2023年11月22日,浙江大学张波教授课题组研究成果,发表在Plant Physiology期刊上(影响因子7.4),文章题目为Transcription factor PpNAC1 and DNA demethylase PpDML1 synergistically regulate peach fruit ripening。该研究使用了DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了PpNAC1转录因子的结合基序和靶基因。研究发现转录因子PpNAC1和DNA去甲基酶PpDML1协同调节桃果实中乙烯合成、果肉软化和风味形成的分子机制。


2023年7月11日,郑州大学与中棉所棉花生物学国家重点实验室的研究成果发表在New Phytologist(IF=9.4,Q1区)期刊上,题目为“GhRCD1 regulates cotton somatic embryogenesis by modulating the GhMYC3-GhMYB44-GhLBD18 transcriptional cascade”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了陆地棉GhMYC3的结合基序和靶基因。揭示了GhRCD1-GhMYC3-GhMYB44-GhLBD18转录级联调控棉花SE的分子机制,为细胞全能性以及棉花基因工程研究提供了新思路。


2023年6月16日,济南大学生物科技与技术学院李慧教授团队的研究成果,发表在植物学领域的TOP期刊Plant, Cell & Environment(IF=7.947,文章题目为“ZmEREB57 regulates OPDA synthesis and enhances salt stress tolerance through two distinct signalling pathways in Zea mays"。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了玉米中一个AP2/ERF转录因子的结合基序以及靶基因。揭示了ZmEREB57通过两个不同的信号途径调控玉米OPDA合成增强耐盐性的分子机制,为耐盐性植物新品种的培育提供了重要的遗传资源。


2023年6月4日,青岛农业大学草业学院宋辉教授课题组的研究成果,发表在Oil Crop Science期刊上,文章题目为Identification of the target genes of AhTWRKY24 and AhTWRKY106 transcription factors reveals their regulatory network in Arachis hypogaea cv. Tifrunner using DAP-seq。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了AhTWRKY24和AhTWRKY106的结合基序以及下游基因。并结合RNA-seq数据揭示了AhTWRKY24和AhTWRKY106转录因子可以调控参与干旱胁迫响应的下游基因。


2023年5月29日,北京林业大学生物学院林木分子育种团队的研究成果,发表在期刊Plant Physiology(IF=8.005,文章题目为“Allelic variation in transcription factor PtoWRKY68 contributes to drought tolerance in Populus"。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq) 技术鉴定了毛白杨转录因子PtoWRKY68的结合基序以及靶基因。揭示了PtoWRKY68基因等位变异通过调控ABA信号通路响应干旱胁迫的分子机制,为利用分子育种策略开发耐旱树木新品种奠定了遗传基础。


2023年5月22日,河北农业大学与西北农林科技大学的联合研究成果,在线发表在Horticultural Plant Journal 期刊(Q1区,IF=5.7),文章题目为“Overexpression of the transcription factor MdWRKY115 improves drought and osmotic stress tolerance by directly binding to the MdRD22 promoter in apple”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了苹果转录因子MdWRKY115的结合基序和靶基因。揭示了MdWRKY115通过直接结合MdRD22启动子增强植物对干旱和渗透胁迫耐受性的调节机制。


2023年4月13日,西北农林科技大学园艺学院王西平教授课题组在Horticulture Research(IF=7.291)在线发表了题为“Control of ovule development in  Vitis vinifera by  VvMADS28 and interacting genes” 的研究论文。DAP-seq助力该研究揭示了葡萄MADS-box基因对胚珠发育的调控机制。


2023年4月6日,中国中医科学院中药资源中心黄璐琦院士/袁媛研究员课题组的研究成果,发表在Frontiers in Microbiology期刊上(IF=6.064),文章题目为“PuCRZ1, an C2H2 transcription factor from Polyporus umbellatus, positively regulates mycelium response to osmotic stress”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了猪苓中一个C2H2转录因子的结合基序及其靶基因,揭示了PuCRZ1参与调控猪苓菌丝生长以及渗透胁迫耐受的分子机制。


2023年3月,北京林业大学生物学院宋跃朋教授课题组的研究成果发表在了Plant Physiology期刊上(影响因子7.4),文章题目为“Enhanced genome-wide association reveals the role of YABBY11-NGATHA-LIKE1 in leaf serration development of Populus”的研究论文。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了杨属YABBY11转录因子的结合基序和靶基因。发现YABBY11与杨树叶形自然变异显著关联,为探索理想叶形遗传改良奠定了理论基础。


2023年3月,华中农业大学端木德强团队在New Phytologist期刊(IF=10.323)在线发表了题为“A transcription factor of the NAC family regulates nitrate-induced legume nodule senescence”的研究论文。该研究揭示了豆科植物百脉根中一个NAC转录因子在硝酸盐诱导的根瘤衰老过程中发挥了关键的调控作用。

      

2023年2月9日,浙江大学农业与生物技术学院的最新研究成果,发表在Molecular Plant期刊上(IF=21.949),文章题目为“Single-cell transcriptomic analysis reveals the developmental trajectory and transcriptional regulatory networks of pigment glands in Gossypium bickii”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了比克氏棉子叶GoPGF的结合基序和下游靶基因。并进一步揭示了比克氏棉色素腺形态建成的调控网络,为培育具有特定性状的栽培棉花新品种提供了宝贵的基因资源。  


2023年1月31日,西北农林科技大学园艺学院苹果重点实验室的最新研究成果,发表在Plant Physiology期刊上(IF=8.005),文章题目为“MdERF114 enhances the resistance of apple roots to Fusarium solani by regulating the transcription of MdPRX63”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了苹果MdERF114的结合基序和靶基因。进一步研究揭示了MdERF114正向调控苹果根系抵御腐皮镰刀菌侵染的分子机制,为培育抗ADR的砧木提供了宝贵的基因资源。


2023年01月03日,中南林业科技大学的最新研究成果,发表在Communications Biology 期刊上(IF=6.548),文章题目为“The bHLH-zip transcription factor SREBP regulates triterpenoid and lipid metabolisms in the medicinal fungus Ganoderma lingzhi”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了药用真菌灵芝中bHLH-zip转录因子SREBP的结合基序和靶基因。进一步研究揭示了SREBP调控灵芝中三萜类化合物和脂质代谢的分子机制,为提高灵芝物种的GA产量提供了宝贵的基因资源。


2022年12月21日,中国农业科学院棉花研究所的研究成果发表在Plant Physiology期刊上(IF=8.005),文章题目为“A brassinosteroid transcriptional regulatory network participates in regulating fiber elongation in cotton”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了陆地棉中BR信号通路核心转录因子GhBES1.4的结合基序和靶基因。揭示了GhBES1.4介导的BR调控棉纤维伸长的网络,为培育陆地棉优质纤维新品种提供了宝贵的基因资源。


2022年10月,浙江大学农业与生物技术学院宋凤鸣课题组的最新研究成果,发表在知名学术期刊Journal of Integrative Plant Biology(IF=9.106)上,文章题目为“The NAC transcription factor ONAC083 negatively regulates rice immunity against Magnaporthe oryzae by directly activating transcription of the RING-H2 gene OsRFPH2-6”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq) 技术鉴定了水稻中转录因子ONAC083的结合基序和靶基因。进一步研究揭示了OsNAC083通过结合ACGCAA元件影响OsRFPH2-6转录,进而负调控水稻对稻瘟病的抗性。

      

2022年9月,中国热带农业科学院热带生物技术研究所功能基因研究组在权威杂志Plant Biotechnology Journal(IF=13.263)在线发表了题为 “A CC-type glutaredoxin, MeGRXC3, associates with catalases and negatively regulates drought tolerance in cassava (Manihot esculenta Crantz)” 的研究论文,证实了CC类谷氧还蛋白MeGRXC3可以在转录和转录后水平调控过氧化氢酶的活性、影响过氧化氢在叶片表皮不同类型细胞中的分布,从而调控木薯对干旱胁迫的响应。


2022年8月,广西大学农学院甘蔗生物学重点实验室/亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室张木清/姚伟研究团队在Journal of Experimental Botany(IF=7.298)在线发表了题为“ScAIL1 modulates plant defense responses by targeting DELLA and regulating GA and JA signaling”的研究论文,该研究发现了一个甘蔗新的AP2家族转录因子ScAIL1,通过靶向DELLA调节JA与GA合成,平衡植物生长与防御。


2022年8月,安徽农业大学、中国水稻研究所和上海市农业科学院作物育种栽培研究所在The Plant Journal(IF=5.726)期刊联合发表了题为“OsSGT1 promotes melatonin-ameliorated seed tolerance to chromium stress by affecting the OsABI5-OsAPX1 transcriptional module in rice”的文章,揭示了OsSGT1和ABI5相互作用,调控OsAPX1的表达,促进褪黑素改善种子在铬污染条件下萌发的分子机制。

 

2022年8月,扬州大学生物科学与技术学院、植物功能基因组学教育部重点实验室高勇课题组在The Plant Cell(IF=12.085)上在线发表了题为“Phytochrome Interacting Factor Regulates Stomatal Aperture by Coordinating Red Light and Abscisic Acid”的研究论文,揭示了光敏色素互作因子(phytochrome interacting factors, PIFs)通过协调红光和脱落酸(ABA)信号调节气孔开度的分子机制。


2022年7月,北京市农林科学院玉米DNA指纹及分子育种北京市重点实验室、齐鲁师范大学玉米分子育种研究院的共同研究成果,在国际知名学术期刊Theoretical and Applied Genetics(IF=5.574)上发表,题目为“ A newly characterized allele of ZmR1 increases anthocyanin content in whole maize plant and the regulation mechanism of diferent ZmR1 alleles”。本文主要研究内容是鉴定了玉米花青素合成相关等位基因ZmR1CQ01,并揭示了3个ZmR1等位基因的生物学功能和分子调控机制。

 

2022年5月,中科院植物所王雷研究组在Plant Physiology(IF=8.005)期刊上发表了题为“Rice CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED1 transcriptionally regulates ABA signaling to confer multiple abiotic stress tolerance”的研究成果。该研究揭示了OsCCA1调控水稻适应盐胁迫、干旱胁迫以及渗透胁迫的分子机制。其中,该研究使用了DNA亲和纯化测序技术(DAP-seq,DNA Affinity Purification Sequencing),鉴定了水稻生物钟核心组分OsCCA1(Oryza sativa CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1)调控的下游靶基因。


2022年2月,北京林业大学生物科学与技术学院林木育种国家工程实验室的研究成果,发表在Frontiers in Plant Science期刊上(IF=6.627),文章题目为“Genome-Wide Identification of Direct Targets of ZjVND7 Reveals the Putative Roles of Whole-Genome Duplication in Sour Jujube in Regulating Xylem Vessel Differentiation and Drought Tolerance”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术分别鉴定了二倍体酸枣和同源四倍体酸枣中ZjVND7的结合基序和靶基因。揭示了ZjVND7在调节木质部导管分化和耐旱性中的潜在分子机制,为培育耐旱性植物提供了新的思路。


2021年4月29日,重庆文理学院园林与生命科学学院陈泽雄教授的研究成果,发表在植物科学领域的知名学术期刊Plant Science(IF=5.363)上,文章题目为“A R2R3-MYB transcriptional activator LmMYB15 regulates chlorogenic acid biosynthesis and phenylpropanoid metabolism in Lonicera macranthoides”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq) 技术鉴定了金银花R2R3-MYB转录因子LmMYB15的DNA结合基序及其靶基因。进一步研究揭示了LmMYB15调控金银花CGA生物合成和苯丙素代谢的分子机制,该研究成果为利用基因工程策略开发富含CGA的金银花新品种提供了宝贵的基因资源。

 

2020年4月,北京工商大学与蓝景科信合作,Biochemical and Biophysical Research Communications(IF=3.322)发表了题为“ Phytochrome-interacting factors regulate seedling growth through ABA signaling”的文章,为揭示PIFs转录因子调控ABA信号转导机制提供了重要线索。

 

2019年9月,北京林业大学和蓝景科信合作,在植物学主流学术期刊Journal of Experimental Botany(IF=5.36)上,发表了题为“Populus euphratica WRKY1 binds the promoter of H+-ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance”的研究成果。该研究借助DNA亲和纯化测序(DNA Affinity Purification Sequencing,DAP-seq)技术,深入揭示了胡杨耐盐的分子机制。

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