体外RNA亲和纯化测序，是通过体外蛋白表达技术，表达纯化出带有标签的RNA结合蛋白（RNA Binding Protein，RBP），然后与富集的mRNA在体外进行孵育结合，分离出所有和RBP结合的mRNA，进行建库与高通量测序，通过生物信息学分析，筛选出与目的RBP结合的mRNA。

体外RNA亲和纯化测序，无需使用特异性抗体，就能够高通量检测与蛋白相互作用的mRNA。

2024年1月7日，北京林业大学生物科学与技术学院的陈少良教授课题组的研究成果，发表在International Journal of Molecular Sciences期刊上（IF=5.6）,文章题目是“Populus euphratica GRP2 interacts with target mRNAs to negatively regulate salt tolerance by interfering with photosynthesis, Na+, and ROS homeostasis”。该研究使用RNA亲和纯化测序（RAP-seq）技术鉴定及揭示了胡杨富含甘氨酸的RNA结合蛋白PeGRP2与靶向mRNAs相互作用通过影响光合作用、Na+和ROS稳态负调控灰杨耐盐性的机制。